Le génotypage consiste à lire le génome d’un individu, et à obtenir son identité, sa carte génétique. Seules certaines parties du génome sont lues. Elles sont choisies en fonction de l’intérêt que l’on y porte : morphologie, production laitière, etc. Pour cela il suffit de prélever un morceau de cartilage de l’animal en réalisant un petit trou dans l’oreille et de l’envoyer au laboratoire d’analyses. Agreelia qui procède à l’analyse. Les résultats sont ensuite transposés pour donner des index (morphologiques, laitiers, etc.) à l’animal, comme vous les connaissez actuellement. Ainsi, des chevrettes peuvent avoir des index avant de rentrer en production.
La fiabilité c’est la clé du génotypage
La valorisation de la génomique s’est rapidement portée sur les chevrettes de renouvellement. Actuellement pour estimer le potentiel d’une chevrette, on réalise la moyenne des parents et on fait le postula que deux pleines soeurs sont identiques. Spoiler alert : c’est faux ! Mais avant la génomique il n’y avait pas d’autre choix.
Elle va nous permettre de savoir ce que chacune des deux pleines soeurs a réellement hérité de ses parents. Le génotypage des chevrettes permet ainsi de gagner en fiabilité comparé au calcul sur ascendance. En effet le Coefficient de Détermination (CD) passe de 40 % sur ascendance à presque 70 % avec la génomique ! Le risque d’erreur dans le choix de renouvellement est donc diminué et le gain génétique dans l’élevage s’accélère. Grâce aux différentes données recueillies lors de la phase d’essai, nous avons pu estimer que le gain d’un point d’index lait permet de gagner 1 kg de lait par chèvre par an. Attention, la génomique ne peut cependant pas tout faire seule. Tout d’abord, même si le génotypage permet parfois de vérifier ou de retrouver certaines parentés, ce n’est pas son but premier.
La filiation reste une pratique incontournable car l’index de la chevrette perd en fiabilité quand l’ascendance n’est pas connue. C’est simplement une souplesse de travail quand un doute est présent sur la parenté (plusieurs mises-bas simultanées, un bouc qui a sauté la barrière, etc.). Le deuxième point de vigilance est lié à l’environnement. La génomique va nous dire le potentiel de l’animal mais l’environnement va permettre ou non l’expression de ce potentiel. Il faut donc continuer à être consciencieux et vigilant sur les bonnes pratiques d’élevage. Que ce soit la conduite alimentaire, l’ambiance du troupeau, ce sont des points pouvant influencer l’expression du potentiel de l’animal. Il est donc important de ne pas se reposer que sur le génotypage.
De la théorie à la pratique
Et maintenant, comment fait-on en élevage ? La première année, les éleveurs inscrits dans le projet. Génocap ont reçu les index des chevrettes avant la reproduction, à environ 5 mois d’âge. Ils les ont ainsi utilisés pour optimiser la reproduction en faisant des lots. En effet, dans la majorité des cas, un seul bouc, choisi en conséquence, a été introduit dans chaque lot pour réaliser les filiations et valoriser la génétique des futures naissances. La deuxième année, les index ont été envoyés au plus proche de la naissance de l’animal (1 mois d’âge environ) dans l’objectif de réaliser un premier tri sur les chevrettes à garder post-sevrage. Ensuite, comme la première année, ils seront utilisés pour optimiser la reproduction et permettre de conserver des chevrettes de chevrettes
Il n’a pas été simple pour les éleveurs testeurs de faire confiance les yeux fermés aux index issus du génotypage et ainsi mettre en place un choix qui en découle. Mais le gain génétique possible présenté précédemment les a convaincus ! L’avantage du caprin, vis-à-vis du bovin, est la rapidité du renouvellement qui permet une progression de la génétique en peu d’années. De plus, garder les chevrettes de chevrettes permet de gagner une génération et accélère la progression du niveau génétique du troupeau. Le message à retenir est qu’il faut être régulier dans ses choix et ses pratiques pour apprécier les résultats à terme.
Et demain ?
Seenovia travaille avec Capgènes et les autres acteurs de la génétique caprine pour proposer un service aux éleveurs qui le souhaitent, idéalement en 2025. Il nous reste à finaliser les conditions de participation, notamment la question des boucs sur laquelle vous nous interpellez régulièrement, et la transmission automatique des résultats. Nous vous donnons RDV aux Seenoviales pour vous informer de l’avancement du projet !
Meghan GONZALEZ, Conseillère caprine
